алекс писал(а):Что повлияло удаление программы или удаление пароля из менеджера паролей?
Думаю, ни то ни другое

Менеджер паролей вообще никак не может повлиять на почту, и в частности на письма в папках. Его задача только сохранять пароли и удобным образом их подставлять в нужные места. Кстати, каким менеджером Вы пользуетесь, если не секрет?
Я онлайн, по умолчанию только просматривает почту. А так же оповещает о новых. Он не перемещает почту.
В таких ситуациях часто бывает, что человек ищет письма не в той папке, в которой они действительно лежат. То есть не в папке Входящие. Я не хочу сказать, что в Вашем случае было именно так. Но такое в принципе возможно.